Projets de spécialité Bioinfo Apprentissage : Différence entre versions

De Ensiwiki
Aller à : navigation, rechercher
 
(2 révisions intermédiaires par un autre utilisateur non affichées)
Ligne 1 : Ligne 1 :
 +
{{Attention|Cette page est obsolète. Elle a été utilisée pour le projet de spécialité dans le passé, et n'est gardée que pour mémoire}}
 +
 +
<div style="color: lightgrey; ">
 +
 
{{Maintenance par enseignants}}
 
{{Maintenance par enseignants}}
 
{{2A}} {{Informatique}} {{Mathématiques}}
 
{{2A}} {{Informatique}} {{Mathématiques}}
[[Catégorie:Projets de spécialité]]
 
  
 
Elèves de toutes les filières, bienvenue sur la page des projets de spécialité bioinformatique, Apprentissage Automatique. Attention : une équipe doit comporter au minimum 3 élèves!
 
Elèves de toutes les filières, bienvenue sur la page des projets de spécialité bioinformatique, Apprentissage Automatique. Attention : une équipe doit comporter au minimum 3 élèves!
Ligne 7 : Ligne 10 :
 
=== Objectif des projets de bioinformatique ===
 
=== Objectif des projets de bioinformatique ===
  
La bioinformatique est un champ interdisciplinaire dont le but est de développer les méthodes d'analyse permettant d'interpréter les données biologiques, notamment issues des projets de génomique. Les données génomiques sont complexes et massives. La bioinformatique combine l'informatique, les statistiques et l'algorithmique pour analyser les données biologiques. Les personnels encadrant les projets de bioinformatique sont des chercheurs extérieurs à l'école et les sujets sont '''à la demande'''. Pour effectuer un projet en bioinformatique, contacter le responsable du projet de spécialité pour définir un sujet et contacter un chercheur. Par exemple, les élèves du cours de '''Modélisation en Biologie''' peuvent contacter l'un de leurs intervenants. Toutefois, les thèmes abordés sont très variés et ne se limitent pas à une filière en particulier. Connaître un langage de script (Python, R, Perl) est le seul prérequis utile. Un tour d'horizon des thèmes abordés est disponible sur la page wikipedia suivante :   
+
La bioinformatique est un champ interdisciplinaire dont le but est de développer les méthodes d'analyse permettant d'interpréter les données biologiques, notamment issues des projets de génomique. Les données génomiques sont complexes et massives. La bioinformatique combine l'informatique, les statistiques et l'algorithmique pour analyser les données biologiques. Les personnels encadrant les projets de bioinformatique sont des chercheurs extérieurs à l'école et les sujets sont "à la demande". Pour effectuer un projet en bioinformatique, contacter le responsable du projet de spécialité pour définir un sujet et contacter un chercheur. Par exemple, les élèves du cours de "Modélisation en Biologie" peuvent contacter l'un de leurs intervenants. Toutefois, les thèmes abordés sont très variés et ne se limitent pas à une filière en particulier. Connaître un langage de script (Python, R, Perl) est le seul prérequis utile. Un tour d'horizon des thèmes abordés est disponible sur la page wikipedia suivante :   
  
 
https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics
 
https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics
Ligne 28 : Ligne 31 :
 
=== En pratique (Teide et tout ca) ===
 
=== En pratique (Teide et tout ca) ===
  
Vous avez une idée du sujet qui vous intéresse, en bioinformatique ou en apprentissage automatique. La première étape est de trouver au moins deux partenaires pour constituer une équipe. Une fois l'équipe constituée et une thématique commune ciblée, **prendre rendez vous par messagerie avec le responsable du projet**. Une fois l'équipe et le sujet validés par le responsable (entretien à prévoir), le responsable créera pour votre équipe une entrée dans Teide (nommée, par exemple, projet 2). Vous devrez alors vous inscrire sur Teide pour la validation finale de votre équipe sur le projet choisi, en suivant rigoureusement le calendrier du projet de spécialité.  
+
Vous avez une idée du sujet qui vous intéresse, en bioinformatique ou en apprentissage automatique. La première étape est de trouver au moins deux partenaires pour constituer une équipe. Une fois l'équipe constituée et une thématique commune ciblée, prendre rendez vous par messagerie avec le responsable du projet.  
 +
 
 +
Une fois l'équipe et le sujet validés par le responsable, '''le responsable créera pour votre équipe une entrée dans Teide''' (nommée, par exemple, projet 2). Vous devrez alors vous '''inscrire sur Teide''' pour la validation finale de votre équipe sur le projet choisi dans l'application, en suivant rigoureusement le '''calendrier du projet de spécialité'''.  
  
  
Ligne 34 : Ligne 39 :
  
 
Pre-rapport, rapport et soutenance orale. Quelques règles pour la rédaction du rapport sont disponibles sur [https://ensiwiki.ensimag.fr/index.php/Rédaction_de_documents_écrits cette page].
 
Pre-rapport, rapport et soutenance orale. Quelques règles pour la rédaction du rapport sont disponibles sur [https://ensiwiki.ensimag.fr/index.php/Rédaction_de_documents_écrits cette page].
 +
 +
</div>

Version actuelle en date du 9 septembre 2016 à 11:59

AttentionCette page est obsolète. Elle a été utilisée pour le projet de spécialité dans le passé, et n'est gardée que pour mémoire


AttentionCette page est maintenue par les enseignants et utilisée par les élèves de la matière concernée. Vos contributions sont les bienvenues, mais merci d'en discuter avant de faire des modifications non triviales de la page, pour être sûr de ne pas perturber le déroulement du cours.

Mycomputer.png  Deuxième Année  CDROM.png  Informatique  Mathematiques.png  Mathématiques 

Elèves de toutes les filières, bienvenue sur la page des projets de spécialité bioinformatique, Apprentissage Automatique. Attention : une équipe doit comporter au minimum 3 élèves!

Objectif des projets de bioinformatique

La bioinformatique est un champ interdisciplinaire dont le but est de développer les méthodes d'analyse permettant d'interpréter les données biologiques, notamment issues des projets de génomique. Les données génomiques sont complexes et massives. La bioinformatique combine l'informatique, les statistiques et l'algorithmique pour analyser les données biologiques. Les personnels encadrant les projets de bioinformatique sont des chercheurs extérieurs à l'école et les sujets sont "à la demande". Pour effectuer un projet en bioinformatique, contacter le responsable du projet de spécialité pour définir un sujet et contacter un chercheur. Par exemple, les élèves du cours de "Modélisation en Biologie" peuvent contacter l'un de leurs intervenants. Toutefois, les thèmes abordés sont très variés et ne se limitent pas à une filière en particulier. Connaître un langage de script (Python, R, Perl) est le seul prérequis utile. Un tour d'horizon des thèmes abordés est disponible sur la page wikipedia suivante :

https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics

De nombreuses méthodes bioinformatiques utilisent l'apprentissage automatique.

Objectif des projets en apprentissage

L'apprentissage automatique (machine learning) est un champ d'étude interdisciplinaire s'appuyant sur l'informatique et les statistiques pour développer des méthodes permettant à un programme d'apprendre une tache ou de prédire des événements futurs à partir d'observations statistiques. Cette discipline est à la base de la "science des données" prépondérante dans le monde académique et industriel à l'heure actuelle.

https://en.wikipedia.org/wiki/Machine_learning

A la différence du projet précédent, les sujets proposés sont disponibles sur un site externe. L'objectif est de former une équipe pour participer à un challenge sur un problème de prédiction ouvert choisi dans un site web dédié, tel le site "kaggle". Les thèmes abordés sont très variés et changent souvent. Un tour d'horizon de thèmes en cours, très abordables, est disponible sur la page suivante :

https://inclass.kaggle.com/

Votre tuteur école jouera le role de coach et pourra vous aider à mettre en place des méthodes pour répondre au challenge choisi. Les projets ne se limitent pas à une filière en particulier. Connaître un langage de script (Python, R, Perl) est très utile. Par ailleurs, les méthodes d'apprentissage automatique sont souvent utilisées en bioinformatique et il possible de croiser les deux thèmes.


En pratique (Teide et tout ca)

Vous avez une idée du sujet qui vous intéresse, en bioinformatique ou en apprentissage automatique. La première étape est de trouver au moins deux partenaires pour constituer une équipe. Une fois l'équipe constituée et une thématique commune ciblée, prendre rendez vous par messagerie avec le responsable du projet.

Une fois l'équipe et le sujet validés par le responsable, le responsable créera pour votre équipe une entrée dans Teide (nommée, par exemple, projet 2). Vous devrez alors vous inscrire sur Teide pour la validation finale de votre équipe sur le projet choisi dans l'application, en suivant rigoureusement le calendrier du projet de spécialité.


Evaluation

Pre-rapport, rapport et soutenance orale. Quelques règles pour la rédaction du rapport sont disponibles sur cette page.